本サブプログラムは、歴史学と人類学における基盤研究および専門領域研究を深化させることを目的に、博士前期課程と博士後期課程のカリキュラムを設置しています。歴史学分野では日本史学、東洋史学、西洋史学と歴史地理学を、人類学分野では先史学・考古学と民俗学・文化人類学をそれぞれ専門領域として含んでいます（詳細は本サブプログラムのホームページを参照）。
大学院生は、いずれかの専門領域に所属し、文献研究やフィールドワークを経て、その研究分野における基盤的研究手法を修得するとともに、今日の研究状況に対応し学界を先導し得る先端的研究視点と方法とを身につけます。サブプログラムを構成するいずれの分野も、多様な時代と地域を場とする人間の営みそのものを重視したカリキュラムを組んでおり、科目履修にあたっては、各専門領域を超えて広い視野に立った学問を築くために、他分野の単位も取得するように指導しています。
授業の履修はもとより、学会誌への論文投稿や学会発表、そして修士論文・博士論文の執筆を通じて、独創性と高度な研究能力を備えた学究型の研究者・教育者、ならびに、研究成果を社会に還元できる実践型の高度専門職業人を養成することを目的としています。